柯南和元太等人在外玩耍時(shí)，遇到了三個(gè)對(duì)蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養(yǎng)的毒蜘蛛，這時(shí)，系川打電話給新野教授，可對(duì)面卻傳來(lái)一聲慘叫。待大家到達(dá)研究所時(shí)，教授已經(jīng)身亡，雖然柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了毒蜘蛛，卻并沒(méi)有找到相應(yīng)的血清，并且他還發(fā)現(xiàn)有人對(duì)電話動(dòng)了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識(shí)的這三名蜘蛛愛(ài)好者都有殺人的動(dòng)機(jī)，兇手一定就在他們之中。

一個(gè)男子走路的時(shí)候差點(diǎn)被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團(tuán)發(fā)現(xiàn)，為確認(rèn)身份，大家打開(kāi)了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書(shū)，難道他準(zhǔn)備自殺？這時(shí)，這個(gè)叫真中的男子醒了過(guò)來(lái)，可他卻失去了記憶，光彥認(rèn)為他一定是遇到困難所以才想不開(kāi)，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個(gè)陰謀……

警方聽(tīng)過(guò)答錄機(jī)里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認(rèn)，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，雖然警察沒(méi)有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰(shuí)，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過(guò)明顯，于是，他將自己的推理簡(jiǎn)單告訴元太他們，讓他們分擔(dān)必要的說(shuō)辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

阿笠博士和小蘭帶少年偵探隊(duì)去露營(yíng)的時(shí)候，正巧碰到了一對(duì)因帳篷而發(fā)生口角的情侶，他們離開(kāi)之后，柯南等人占領(lǐng)了他們?cè)葴?zhǔn)備搭建帳篷的樹(shù)蔭，不料這時(shí)，正在帳篷里熟睡的小蘭被不明人士綁走，之后，警方在一個(gè)懸崖下發(fā)現(xiàn)了歹徒的車子，根據(jù)歹徒遺留下來(lái)的手機(jī)，小蘭很有可能在15點(diǎn)之前被人殺害，到底是誰(shuí)綁架了小蘭？柯南他們能否在15點(diǎn)之前找到小蘭呢？

警方并沒(méi)有找到柯南等人看到的當(dāng)時(shí)那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開(kāi)的時(shí)候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場(chǎng)證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官?zèng)Q定在離開(kāi)之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……