為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的偵探徽章留在了詹姆斯那里使眾人得到了詹姆斯的鎖在位置。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發起追擊。而經過推理，柯南領會到詹姆斯信息原來指的是自己被綁架到假冒的警車之中。而為了確保詹姆斯的安全，柯南眾人采取了非常的營救手段。

深夜大地震，帝丹神社的秦錢被落下的鐘壓下而死亡。次日早晨開始調查，但是事情好象并不那么簡單。柯南他們開始在鎮子內搜索。發現死者房間中頭部留出的血沾染的竹桿。可能是地震之后回房時遭遇不測。在高木警官即將放棄的時刻受到柯南假扮的暮目警官的鼓勵重新振作起來查案。經過分下調查高木警官揭開了事情的真相。

小五郎帶著小蘭、柯南應邀去參加精通葡萄酒的日下的宴會，那里還邀請了眾多葡萄酒愛好者。但是去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下卻始終沒有回來。小五郎和日向夫人前往酒窖看看狀況時才發現日向已經被殺害。柯南無意發現了地上的刻意痕跡推理出兇手的犯罪手法。另一方面警官調查后門確認無法盜用鑰匙進入。而在高木警官的親身試驗后“沉睡的小五郎”道出了兇手的犯罪手法并指出了手絹上酒漬的證據。

警方從案件相關人的口中得知，一年前被害者曾在這個停車場撞死過一個小男孩，之所以出現車禍就是因為當時被害者穿著厚底鞋而無法及時剎車，一番追查后，柯南發現兇手就是……與此同時，只身在百貨公司內的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機時候，目暮警官及時出現擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數日后，大家一起去醫院看望目暮警官時，從松本那里得知了目暮警官的秘密。

金澤氏由于被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調查。小五郎等人到了建筑師金澤氏的別墅。大家在巴比0時突然聽到槍聲，循聲去看時金澤氏已經被殺害。毛利和警官發現了兇手殺人的機關推測犯人可能是外部人員但在柯南的調查下發現了兇手就是在島上的內部人員。在罪證面前兇手最終承認了罪行同時道出了因為金澤偷盜自己設計而最終走上不歸路的事情。