日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說(shuō)靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過(guò)時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

為了紀(jì)念戰(zhàn)國(guó)武將信長(zhǎng)入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來(lái)到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場(chǎng)所，然而他卻在尋找表演人員的過(guò)程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長(zhǎng)公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

為了打開(kāi)藏有珍貴月長(zhǎng)石的機(jī)關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書(shū)館將機(jī)關(guān)盒展出，并邀請(qǐng)各界人士前來(lái)打開(kāi)機(jī)關(guān)盒。同時(shí)，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請(qǐng)，希望借此機(jī)會(huì)吸引基德并將其繩之以法。收到邀請(qǐng)函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開(kāi)機(jī)關(guān)盒時(shí)，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機(jī)以動(dòng)。柯南能否順利找出基德真身？

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來(lái)到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來(lái)度假的客人井出正也無(wú)意間談起了7年前很熱門的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

元太在奧米花的路口邊找東西時(shí)，突然被身后狂奔而來(lái)的紅衣男子撞倒，元太追逐紅衣男子未果，便叫來(lái)少年偵探團(tuán)一起幫他尋找紅衣男子的下落。正當(dāng)幾人爭(zhēng)論不休時(shí)，柯南等人被警察叫住詢問(wèn)，這才得知該紅衣男子竟是一名搶劫犯，于是少年偵探團(tuán)便決定幫助警察抓到紅衣男子。與此同時(shí)，另一名紅衣男子來(lái)到警察局，告訴警察他失憶了，卻被警察以嫌疑人的身份進(jìn)行追捕。這名紅衣男子究竟是不是搶劫犯？感覺(jué)此事另有蹊蹺的柯南展開(kāi)了調(diào)查。