鷹取嚴(yán)男在取回寶石后將柯南扔在了馬路中間的綠化帶中，柯南受不住沖擊昏了過去，當(dāng)他醒來時鷹取早已不見蹤影。柯南隨后被送到醫(yī)院檢查，所幸身體沒有受傷。柯南想弄清案件的真相，趁病房沒人偷溜出去尋找線索。他先去尋找之前在鷹取身上發(fā)現(xiàn)的酒吧地址，在酒吧隔壁的房間里竟然發(fā)現(xiàn)了被盜珠寶店的采購員的尸體。

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現(xiàn)場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發(fā)生了。

根據(jù)死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時他發(fā)現(xiàn)還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經(jīng)過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時他也意識到，世良可能已經(jīng)知曉自己的真實身份。

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場混亂之時綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

高木警官突然來電要找柯南，他說柯南是殺人事件的知情人。畫家北園青峰下午三點半左右在家被人殺害， 警方為了確定嫌疑人之一北園先生的弟子西山大樹的不在場證明把柯南叫來，因為事發(fā)當(dāng)日西山將柯南和朋友們作為模特畫了一幅風(fēng)景畫。北園先生的兩位弟子和妻子都似乎與北園先生有過糾紛，這次的案件讓警察們陷入困局。