經(jīng)過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時(shí)，阿淳說自己曾在五點(diǎn)的時(shí)候看到過由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會(huì)在五點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

大家一起去滑雪的時(shí)候，小五郎弄丟了別墅的鑰匙，三人正愁沒地兒住的時(shí)候，醫(yī)科大學(xué)的大山教授認(rèn)出小五郎并邀請(qǐng)他們?nèi)プ约旱膭e墅，并正巧碰上了大山教授學(xué)子們的聚會(huì)，期間，中原驅(qū)車下山買下酒菜，趁這個(gè)機(jī)會(huì)大家也都各自活動(dòng)，可中原回來后，卻發(fā)現(xiàn)大山教授被殺，柯南在現(xiàn)場(chǎng)根據(jù)教授留下的線索找到兇手。

為找到更多的線索，柯南和服部對(duì)長門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問，并且在對(duì)個(gè)個(gè)房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時(shí)間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時(shí)犯案的場(chǎng)景，兇手就是那個(gè)人，但逼死兇手絕不是一個(gè)偵探想要的結(jié)果。

毛利偵探事務(wù)所來個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。