柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經(jīng)營舊書店的事感到很不滿，爭執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機車發(fā)動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

為了追蹤倉田屋駒吉的下落，柯南等人來到荻市進行調(diào)查，卻不慎遭到了神秘人的槍擊，所幸無人受傷。因擔(dān)心明日香的安危，毛利小五郎迅速向明日香致電，正當(dāng)二人通話時，明日香卻遭到了神秘人的綁架。寶田先生告訴眾人犯人疑似是藤木律師，并猜測明日香被綁架的地點在指月公園。而柯南則在明日香掉落的手機中發(fā)現(xiàn)了其他線索，只身一人前往目的地搜尋明日香的下落。

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團趕到會場后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內(nèi)卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報廢場，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險。

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發(fā)現(xiàn)者福田先生和催促番藤與天城協(xié)商的江崎小姐都有殺人的機會，但在調(diào)查中柯南并沒有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔(dān)任推理小說新人獎的審查后另一條線索出現(xiàn)了。

千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？