"1948年4月，共產黨西北野戰軍發起西府戰役，圍攻西北重鎮寶雞，國民黨因此被迫放棄延安。南京國防部二廳軍事技術處處長俞北平正在家中整理儀表，準備去趕去清城的火車見道濟銀行董事長張瀚民 ，去拿自己女兒徐丹妮放在他處的五線譜譜紙。卻不料張瀚民被南京國防部二廳特別調查處處長鄭翊查出是共產黨潛伏在南京的特務，鄭翊當天便帶人來到道濟銀行，見張瀚民不在，便挾持了道濟銀行的接待員，欲通過她逼問出關于共黨的信息。正在這時，俞北平恰好打電話來道濟銀行找張瀚民，這讓鄭翊不由得懷疑俞北平是張瀚民的同黨。接待員在鄭翊的監控下，戰戰兢兢地接完了俞北平的電話。隨后，鄭翊向她詢問俞北平和張瀚民兩人交往細節，接待員不欲告知其信息。鄭翊見此掏出手刀，殘忍地刺穿了接待員的手心。接待員一時間痛不欲生，哀嚎連連。與此同時，俞北平整理好了儀表要出門，正好遇到了樓下等待著他的岳父，南京國防部二廳副廳長徐文正。俞北平一直在徐文正的授意下，同張瀚民有生意來往，而此時張瀚民被查出是共產黨，徐文正便提醒俞北平跟張瀚民及時撇開關系，免得淌入渾水。而道濟銀行的接待員在鄭翊的嚴刑逼供下，終于屈服，告訴他們共產黨特務相約于今日下午一點在九號公

徐正文的副官田昱告訴俞北平清城防務方案的與會人員共有五人，分別是清城特調局副主任蔣維民，情報處主任程忠義，技術部長張炳坤，行政處秘書舒曉梅以及辦公室主任秘書范自強，而約翰少校的行程只有他們五人知道，他們有最大嫌疑。之后，徐文正告知俞北平這次清城查案是對他的考驗，俞北平對此自然也是嚴陣以待。而清城特調局的主任吳昆才正同程忠義商量對俞北平接風宴的菜色，程忠義則告訴吳昆才美方不肯接見他。吳昆才不欲多談此事，便用程忠義的終身大事作調侃以轉移話題。與此同時，美軍駐清城港口指揮部情報處中尉林莎正在調查約翰案的現場遺留物，隨后她告知美軍駐清城港口指揮部情報處處長安德烈，在汽車起火前，約翰所攜帶的文件已經泄密。安德烈要求林莎一定要找出潛伏在清城特務局的共黨特務。正當程忠義同舒曉梅吃飯時，林莎正好找到他。林莎告訴他檢測結果，并表示美方已經介入調查。在得知美方介入約翰案后，吳昆才忙派人將蔣維民捉拿以示己方的誠意，同時為了不得罪蔣維民，他將抓捕的蔣維民請到自己辦公室后安撫他的情緒。此時，俞北平正準備同夫人徐詠儀前往清城，在整理物件時，得知鄭翊拿走了他的打火機。俞北平知道鄭翊是他的潛伏生涯里的威脅，便跑去同鄭

蕭寒讓江海生找一個板車，讓胡子明幫他和付大虎做了安全防護，他們倆把楊秋草送到林雨竹的濟世醫院。瘟疫患者越來越多，濟世醫院人滿為患，林雨竹和醫護人員忙得不可開交，可病患還源源不斷送來，家屬圍著林雨竹，苦苦懇求她救救自己的家人，蕭寒送楊秋草來醫院，他站出來為林雨竹解圍。林雨竹和醫護人員對楊秋草進行搶救，他的病情漸漸穩定下來，林雨竹打電話向衛生防疫署榮處長求助，榮處長對她置之不理，林雨竹讓萍萍聯系幾家有影響力的報紙。街上的雞和狗吃了空投的有毒大米和面都死了，乞丐們把這些都拿走吃掉。尹龍發報向上級匯報此事，上級領導當即決定利用媒體曝光此事，還派出小分隊去根據地做宣傳，提醒老百姓預防和阻斷這種細菌的傳播。林雨竹一連打了五個小時，衛生署的領導們都對此事置之不理，林雨竹決定召開新聞發布會，記者們很快來到醫院，林雨竹給他們發了口罩和手套，公開曝光了日軍投放帶有鼠疫大米和面粉的罪行。張恒遵照第三戰區的指示，禁制士兵們離開營區，還對散布謠言的人進行嚴懲。上級派王茂林配合蕭寒的工作，王茂林感謝蕭寒的救命之恩，蕭寒歡迎他的到來。蕭寒和付大虎來看楊秋草，他們只隔著門玻璃看了看他。因為鼠疫死亡的百姓越來越多，宋老

回辦公室后，鄭翊安排下屬明日中午十一點在鮮花廣場通過王杰抓捕唐進義，并派人通知安德森，好讓“比基尼”第二階段順利進行，同時也安排局里其他一切正常運行。而俞北平正在家中回想著鄭翊晚飯時所說的話，當時他知道鄭翊要引林莎入圈套，特地隱晦地道出王杰的異常，也不知林莎是否能夠發現王杰的叛變。徐詠儀因為俞北平對林莎態度轉變突然，以為俞北平出軌愛上林莎，一時間傷心不已，暗自垂淚。第二日，俞北平來到特調局，程忠義因為完全相信了俞北平當初的說辭，便站在了他的那邊，將鄭翊要抓捕唐進義以及張炳坤等人研究遙控爆炸器的事情悉數告知于他。等程忠義離開不久，鄭翊正好進來通知俞北平準備抓捕唐進義。而此時，美方正催著清城局盡快將賓妮的案子結案，好抓到蘇聯違反雅爾塔協議的把柄。隨后，鄭翊、俞北平一行人前往鮮花廣場，嚴陣以待。程忠義按鄭翊命令通知安德森到現場一同抓捕王杰。臨近中午，唐進義的身影果然出現在了廣場附近。共黨察覺不對，便對暴露的國軍開了槍，局勢頓時一片大亂。事先安排好的國軍因此傾巢而出，將鮮花廣場團團圍住。一名共黨為掩護同志，吸引火力擊殺了叛徒王杰，之后便被國軍亂槍打死。而唐進義則趁亂躲在了俞北平所乘車輛的后備箱

南京下令約翰案要以蔣維民伙同趙冰冰殺害約翰結案，鄭翊卻認為這并不能令美國方信服，因為張凱已經露出了足夠多的馬腳，而吳昆才在面對鄭翊時，也承認約翰案是張凱所為，此事目的是為栽贓給共產黨，好讓美國加入內戰，幫國民黨打共產黨。同時，吳昆才也透露，約翰案便是“比基尼”計劃的一部分。但鄭翊卻認定張凱便是共產黨，并拿出在趙冰冰搜出的那卷膠帶作為證明，但在吳昆才對張凱的擔保下，對此事又有了新的疑慮。在如此混亂的局勢下，俞北平心里因握有張凱的自白而安定不少。隨后，俞北平準備出門，參加會議時，發現徐丹妮身體不適，忙扶她回房間休息。在俞北平照顧她的時候，徐丹妮突然對俞北平道歉，她為自己給他惹了麻煩而愧疚不已，而俞北平在之后的交談中得知，徐丹妮已經告訴林莎張凱和趙冰冰并非共產黨。俞北平同鄭翊在會議室商談約翰案的結案問題，由于俞北平被任命為特調局代理主任，此事將主要由他來負責。為了讓美方接受結果，俞北平提出要將蔣維民、張凱、趙冰冰三人的身份作成共黨，鄭翊對此也表示贊同。林莎在同鄭翊、俞北平一同查案時，深知許多疑點，明白約翰案并非像表面看上去那么簡單。為了能進一步接近約翰案真相，林莎約曾經的戀人、特調局情報處處