為了紀念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

這天，米小圈和其他隊員一起做野外拉練鍛煉體能，看著其他隊員跑得氣喘吁吁，米小圈又開始耍起小聰明，他繞了道悄悄躲在一棵樹下看小說，休息，終于聽到吹哨的聲音，他才匆匆爬起來，臨走時還不忘將手里的礦泉水往臉上噴噴當做汗水，米小圈做這些游刃有余，當他和其他隊員一起“大汗淋漓”地跑回操場，隊長不明就里還表揚他能夠堅持。看到隊長翻開隊員們號碼牌后面記錄的公里數(shù)，米小圈開始懵逼了，很快隊長看到米小圈只跑了三百步，當著隊員的面毫不客氣地指責米小圈投機取巧，米小圈根本不服氣，他認為既然是鍛煉體能，平時應該多節(jié)省，等上比賽現(xiàn)場在揮汗如雨也不遲，大伙紛紛側臉，米小圈覺得自己根本沒錯。果真，不久之后，他們與春華小學的對戰(zhàn)就開始了，米小圈躍躍欲試，肌肉老師卻讓他有耐心，準備讓米小圈在最后下半場進入，并且當做隊里的黑馬，米小圈聽到肌肉老師如此重用他，心里非常得意。上半場春華小學以一比零的得分勝出，經(jīng)過短暫的休息調整后，秋實曉學的運動員開始展現(xiàn)出優(yōu)勢，因為他們平時比較重注體能訓練，因此在后半場比賽中依然保持著雄厚的實力，眼看就要與春華小學的分數(shù)追平，可是五號運動員卻因為不小心足鍵手上受傷，終于被擔架抬下陣來。米小圈

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點。靈岸家與舞濱家距離有一個多小時的車程，舞濱龍二到底是怎么錯過時間差實施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

柯南等人來到方斗寺調查會預知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內留宿。正當眾人享用晚飯時，突然從房內傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒有結束……

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當時只有一個目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特攝劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因為當年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。