得知小蘭要去約會(huì)，柯南死纏爛打的跟著一起去了咖啡店，為哄柯南回家，小蘭外出給他買蛋糕。小蘭離開后，咖啡店里依次來了幾位客人，有兇巴巴的女人、花花公子、美女律師、大學(xué)生和大塊頭男士，正在柯南猜測哪位是小蘭的約會(huì)對象時(shí)，廁所傳來慘叫，原來是兇巴巴的女人在廁所被人殺掉，但在柯南和美女律師的推斷下，兇手浮出水面，之后柯南才知道小蘭的約會(huì)對象居然是……

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個(gè)洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來，將春日制服。

小蘭找來醫(yī)生時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現(xiàn)場，而服部已經(jīng)開始了對兇手的指認(rèn)，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動(dòng)承認(rèn)，這時(shí)，工藤新一出現(xiàn)，他推翻了服部的推測，并對兇手重新指認(rèn)，服部甘愿認(rèn)輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說句話就躲了起來變回柯南，休息了三天后，他意識(shí)到老白干是讓他恢復(fù)原形的方法。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團(tuán)，但此次旅行的主辦人旅店的老板金谷，被人鎖在車?yán)锿葡律窖逻€引發(fā)的爆炸，而被孤立無法與外界聯(lián)系的旅客，因?yàn)椴幌Ｍ俪霈F(xiàn)死者，都集合在旅店房間里，說自己已經(jīng)知道兇手是誰的綾子，在車庫里爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時(shí)，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。