少年偵探隊(duì)為準(zhǔn)備兒童大會(huì)要表演的布偶戲，隨一個(gè)叫海部大學(xué)生去霧之丘高原進(jìn)行特訓(xùn)，可是當(dāng)晚柯南發(fā)現(xiàn)同他們一起來(lái)的小朋友和相應(yīng)的布偶都不見(jiàn)了，就在柯南和光彥去二樓進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，元太和步美也突然失去了蹤影，因?yàn)殡娫捑€被不明人士割斷，兩人跑到離這里最近的另一家民宿，卻看到……

小五郎曾教過(guò)的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車(chē)子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車(chē)的姐姐小惠倒車(chē)出庫(kù)的時(shí)候慘遭意外，警方一開(kāi)始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒(méi)想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。

原來(lái)幸田把從寶石店里偷來(lái)的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過(guò)來(lái)時(shí)幸田稱(chēng)寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開(kāi)整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說(shuō)明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來(lái)到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書(shū)房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車(chē)庫(kù)，看到車(chē)庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車(chē)爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來(lái)到小惠家，然而此次前來(lái)的目的卻是……

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來(lái)到東京，就在大家一起游覽東京的時(shí)候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請(qǐng)下，柯南一行人來(lái)到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒(méi)有一個(gè)結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來(lái)介入調(diào)查，這時(shí)，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。