柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說(shuō)了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來(lái)到了這棟有鬼出沒(méi)的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過(guò)一具女性的焦尸，這些傳聞聽(tīng)著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時(shí)，卻不知不覺(jué)都睡著了，恍惚中，電視自己打開(kāi)并出現(xiàn)了恐怖畫(huà)面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

警方對(duì)鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時(shí)他卻并沒(méi)有不在場(chǎng)證明并且之前他曾與船木發(fā)生過(guò)爭(zhēng)吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開(kāi)了調(diào)查，柯南注意到來(lái)往這里火車(chē)，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來(lái)過(guò)大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動(dòng)機(jī)以及她的手法到底是什么？

妃英理律師與號(hào)稱(chēng)美女檢察官的九條對(duì)簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時(shí)候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對(duì)咄咄逼人的檢察官，妃英理勢(shì)必會(huì)陷入一場(chǎng)硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線(xiàn)索。

電視臺(tái)為了舉辦一場(chǎng)東西推理大對(duì)決，便邀請(qǐng)小五郎和服部一起來(lái)沖繩島。之后大家與電視臺(tái)的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無(wú)人島，考察完畢準(zhǔn)備返回時(shí)，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進(jìn)行推理時(shí)，送他們來(lái)的船只和船長(zhǎng)也消失了蹤影。

毛利偵探事務(wù)所來(lái)了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉(cāng)，三人是不同游戲公司的職員，受板倉(cāng)委托開(kāi)發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來(lái)的郵件里的畫(huà)像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉(cāng)已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉(cāng)被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！