少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

在園子的邀請(qǐng)下，柯南、小蘭隨她一起前往杯戶(hù)飯店享用“蛋糕吃到飽”，然而在搭公車(chē)的途中他們遇到了一位截拳道高手，這位與小蘭勢(shì)均力敵的對(duì)手到底是什么人？到了杯戶(hù)飯店后，得知蛋糕吃到飽餐廳已經(jīng)截止入場(chǎng)的小蘭和園子大失所望，這時(shí)，突然傳來(lái)尖叫聲，有一名男子從高處墜樓身亡，目擊人晝川表示樓頂有人影閃過(guò)，但當(dāng)柯南趕到樓頂時(shí)卻只發(fā)現(xiàn)了外套和鞋子。

為了某人的關(guān)系，高木警官竟然把快要掉下去的炸彈重新移到身邊，通過(guò)對(duì)高木警官影像的分析柯南鎖定了監(jiān)禁的地點(diǎn)為北海道，寒鴉和只會(huì)在寒冷北海道北海道出現(xiàn)的日柱現(xiàn)象證明的柯南的觀點(diǎn)，但他們依舊無(wú)法找到監(jiān)禁高木警官的高層。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在認(rèn)真查看過(guò)影像后他找到了答案。

事故現(xiàn)場(chǎng)的三人里面可能就有近期惡性循環(huán)破壞車(chē)輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風(fēng)情的由美警官卻時(shí)常打斷兩人的獨(dú)處，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對(duì)兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車(chē)子中柯南看到了他們的共同點(diǎn)，這是兇手想要強(qiáng)迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報(bào)復(fù)行為。

少年偵探團(tuán)和阿笠博士被之前在露營(yíng)認(rèn)識(shí)的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻倆的熱情招待，當(dāng)他們還在吃烤肉時(shí)丈夫表示找不到手機(jī)，夫妻兩人便一起去客廳尋找，但手機(jī)卻在庭院的椅子下面，當(dāng)步美拿去給他們時(shí)卻看到了駭人的一幕。事件看似是丈夫采取防衛(wèi)時(shí)不小心將刀刺向了妻子，但柯南卻從事件中感受到了強(qiáng)烈的不協(xié)調(diào)感。