為了打開藏有珍貴月長(zhǎng)石的機(jī)關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書館將機(jī)關(guān)盒展出，并邀請(qǐng)各界人士前來(lái)打開機(jī)關(guān)盒。同時(shí)，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請(qǐng)，希望借此機(jī)會(huì)吸引基德并將其繩之以法。收到邀請(qǐng)函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開機(jī)關(guān)盒時(shí)，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機(jī)以動(dòng)。柯南能否順利找出基德真身？

為了紀(jì)念戰(zhàn)國(guó)武將信長(zhǎng)入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來(lái)到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場(chǎng)所，然而他卻在尋找表演人員的過(guò)程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長(zhǎng)公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

通過(guò)與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國(guó)回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當(dāng)二人交談甚歡時(shí)，突然有一輛車從沿海公路上沖破護(hù)欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實(shí)施救援，卻發(fā)現(xiàn)駕駛員已當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)秀一的推斷，案發(fā)前車上應(yīng)該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點(diǎn)重重……

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來(lái)的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來(lái)了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

根據(jù)圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動(dòng)全體警力前去搜查，不料卻發(fā)現(xiàn)其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計(jì)劃在指定地點(diǎn)爆炸。正當(dāng)調(diào)查一籌莫展時(shí)，目暮警官突然接到匿名電話報(bào)警，稱自己發(fā)現(xiàn)了爆炸犯的藏身之處。而正當(dāng)眾人趕往此地時(shí)，據(jù)稱是犯人居住的地方卻再一次發(fā)生了爆炸……