服部把武田家的人和羅伯叫到發(fā)生兇案現(xiàn)場的二樓倉庫，柯南將小五郎麻醉，在黑暗之中道出兇手所使用的手法，當(dāng)被問及兇手是如何在這個形如密室中的倉庫作案時，柯南的回答卻是兇手根本沒有出現(xiàn)在兇案現(xiàn)場，那么兇手到底如何作案？信一為何會虐待自己的女兒美紗？美紗自殺的真正原因到底什么？是怎么樣的誤會導(dǎo)致武田家頻頻出現(xiàn)慘案？

少年偵探團因成功抓捕強盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時候，步美被一輛急駛而過的紅色轎車撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車子都會停下來，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉工廠時，車子不見蹤影，之后，車子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒過得多久，柯南等人得知石倉工廠發(fā)生了命案……

柯南一直到吃晚飯的時候都還不見蹤影，博士去找他時也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進行搜索，然而他們卻沒有發(fā)現(xiàn)兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來到柯南消失的密室，并發(fā)現(xiàn)了血跡和石頭上的留言，古堡越來越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進一步深入古堡，就在她們也發(fā)現(xiàn)那具骷髏時，兇手出現(xiàn)。

柯南等人參加了麻美這個自稱是新一的初戀情人，在別墅舉辦的生日聚會，因為她睡著了大家就留她一個人在別墅，剩下一群人則上街去唱卡拉OK，這時，沢井發(fā)現(xiàn)別墅方向發(fā)生了火災(zāi)，可麻美還在屋里睡覺，所幸小蘭將門踢開救出了麻美。

智明發(fā)現(xiàn)自己外婆的腳受了傷，因為警察要對陽子進行偵訊，所以小蘭就主動提出幫助智明，自從小蘭見到智明就總是一副很中意的樣子，不是黑暗中緊抱智明的胳膊就是和他拉手，而且在她的臉上總是出現(xiàn)一片緋紅，這些全部讓柯南看在眼里，心里不禁大吃飛醋，難道小蘭變心了嗎？柯南在房間的二樓發(fā)現(xiàn)了碎片，并在房間中發(fā)現(xiàn)了可以解釋小光為何會花費一分鐘的時間去打開總開關(guān)證物，接下來，就是揭穿真相的時間。