小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢(qián)包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢(qián)包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時(shí)候，目暮警官突然打來(lái)電話，說(shuō)他們租來(lái)的這輛車(chē)子上被人安裝的炸彈而且時(shí)速必須保持在20公里以上，否則就會(huì)引起爆炸，面對(duì)這種突發(fā)狀況，小五郎只能繼續(xù)開(kāi)車(chē)等待警察前來(lái)救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無(wú)法保證小五郎的安全，如何讓車(chē)子在保持時(shí)速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

沒(méi)過(guò)多久，綁匪就打來(lái)電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難保灰原他們安全。人命關(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號(hào)，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來(lái)到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁(yè)，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

在阿笠博士的帶領(lǐng)下少年偵探團(tuán)來(lái)到了電視臺(tái)，雖然沒(méi)能看到《假面超人》的外景拍攝，卻遇見(jiàn)了光彥姐姐的偶像搖滾樂(lè)團(tuán)的主唱撒旦鬼塚，由于他的裝束好似魔鬼，嚇的光彥一時(shí)沒(méi)想到要簽名，隨后，在大家的陪伴下光彥找到撒旦鬼塚并成功索要簽名，元太和步美看到了桌子上的紙鶴興奮的沖到了休息室，柯南也習(xí)慣性的對(duì)房間一陣觀察，這時(shí)，外面?zhèn)鱽?lái)警鈴聲，演藝公司的社長(zhǎng)被人殺害。

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？