柯南在和大家一起吃壽司的時候將小五郎麻醉，當面戳穿了前來領獎的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現了？

和葉的風車給了服部提示，同時柯南也知道了房屋血跡和尸體消失的手法，在否定小五郎異想天開的推測后，服部說出了真相并且指出在背后操作的人正是住持傳久的師父，然而他這么做的目的到底是什么？了結了升岳寺案件后，小五郎連夜驅車返回住處，次日，服部要去參加日賣電視臺在一座無人島舉辦的高中生推理大賽，柯南也隨他一同前往，沒想竟然在這里遇見了白馬探！

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來介入調查，他們將目標鎖定在山下旅館投宿的三位客人當中，就在這時，柯南像是想到了什么，他獨自一人返回山里并在一棵樹下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網，然而，讓他沒想到的是對方居然帶領了一大波人……

FBI的所有警員立刻將送至各個病房的炸彈進行回收，就在這時，水無憐奈出現在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無憐奈的病房，卻發現她好好的躺在那里，而這其實才是黑暗組織的目的，他們在炸彈上還安裝了發訊器，這樣一來水無憐奈的位置一目了然。既然已經暴露，那就只能立刻將她轉移，為混淆視聽，FBI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。

警察在案發現場發現了一個筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據這個筆記本，大和警官推測兇手就是因為內疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現場，并從一名警察那里聽到了關鍵的線索，兇手就是……