阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來(lái)到野外，并交給他們一張地圖讓他們?nèi)ふ覍毑兀飞侠щy重重，但大家不畏艱險(xiǎn)互相扶持，終于接近終點(diǎn)，柯南解開(kāi)天之水與天之石的暗語(yǔ)，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過(guò)的兩個(gè)行跡可疑的男人突然出現(xiàn)，柯南采用智斗將他們打到后，又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來(lái)自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開(kāi)通知信的暗號(hào)后來(lái)到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來(lái)，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說(shuō)他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽(tīng)，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長(zhǎng)登上船只。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號(hào)，防止基德混入其中，這時(shí)，船內(nèi)突然暗了下來(lái)，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開(kāi)槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請(qǐng)來(lái)的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時(shí)一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們?cè)陝?dòng)不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來(lái)到機(jī)房說(shuō)他已知道誰(shuí)是基德……

兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發(fā)現(xiàn)兇手就在屋內(nèi)，并且否定了兇手是老板的猜測(cè)，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應(yīng)，對(duì)柯南產(chǎn)生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰(shuí)以及他殺死老板和綾子的手法。為了保護(hù)自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說(shuō)出真相，可讓他沒(méi)想到的是，就是這個(gè)舉動(dòng)讓服部肯定了柯南就是工藤。

在銀行的出租保險(xiǎn)箱里面，躺著銀行員工園田真知子的屍體，而且外面的鐵門(mén)還拉下，在外面還貼了一張報(bào)警就會(huì)引爆炸彈的紙。新一先將屍體跟室內(nèi)的狀況拍攝下來(lái)，并且要小五郎確認(rèn)倒在里面的女子是不是真知子。小五郎表示突然接到真知子的電話，請(qǐng)他到銀行來(lái)說(shuō)有事情跟他商量，可是當(dāng)他到銀行時(shí)，真知子就已經(jīng)倒在里面...