眼看車子馬上到達賢橋車站，但與黑色組織接觸之前，柯南還要先處理一件事情，那就是揭穿車上的這兩名珠寶大盜，將他們制服以后，柯南讓阿笠博士報警，而自己則只身犯險進入車站，他將碟片和支票都放在儲物柜里，自己躲在一邊暗中觀察，當沃克拆除碟片時，今恩出現，他看出了柯南想要收集他們指紋的目的并推斷出他就在附近，于是便開始尋找，只聽兩人腳步漸漸逼近……

元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發現了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現了本不該在這個季節出現的甲蟲，為了進一步進行調查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅車趕往群馬，在這里他們認識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當得知白井被殺的消息后，每個人都連忙推卸，但根據目前掌握的線索，兇手一定就在他們三人之中。

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因為犯人可能持有沾血的鑰匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應，但是竟然都沒有檢測出反應！就在這時柯南發現了犯人躲避檢測的發法，在柯南的協助下警方終于逮捕了犯人。

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時候驚訝的發現他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

白鳥警官的車突然發生爆炸，所幸他并沒有當場死亡而是被立馬送去了醫院，在他的手中，佐藤警官還發現一封和三年前相似風格的挑戰書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產生了誤會，而導致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復警察。