元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

玄田宅招供自己就是犯人。柯南、平次和弓長(zhǎng)警部在玄田家里發(fā)現(xiàn)了竊聽器。而且從諸角亮子手上緊緊抓住的坐墊上找到了更有力的物證。在向諸角明和曾我操夫、權(quán)藤系子報(bào)告了搜查的結(jié)果之后的晚上，玄田家里出現(xiàn)了三個(gè)人神秘的身影，而兇手和縱火犯的真面目也終于揭曉。而兇手利用連鎖縱火案來(lái)殺害亮子的手法也水落石出。

古裝劇小說(shuō)家月形龍?zhí)傻牡茏泳蜜嘈垡唤g死的尸體在公園被發(fā)現(xiàn)。以前接受過(guò)月形的取材采訪的毛利小五郎懷疑跟久坂爭(zhēng)奪弟子之位的猿橋勝。但是很快猿橋的不在場(chǎng)證明就得以證實(shí)。在柯南拼命思考的時(shí)候，月形的著作上“逆轉(zhuǎn)接著逆轉(zhuǎn)”的文字跳入眼簾。這時(shí)終于注意到不在場(chǎng)證明的柯南將有關(guān)者聚集起來(lái)解明真相。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來(lái)，并強(qiáng)迫服部來(lái)解開楠川偵探留下的一句暗號(hào)。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因?yàn)檎也坏街缓谜伊思绎埖瓿晕顼垺Ｍ蝗黄酱未蛄艘煌娫掃^(guò)來(lái)，要求幫忙解暗號(hào)密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)密碼的異常。此時(shí)，服部也為美里沙解開了暗號(hào)的謎題，而柯南也成功解除謎題并報(bào)警解救出平次和葉子。