寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒有辦法參加。就在和步美通電話時(shí)忽然有個叫做正南的小男孩說有陌生人闖進(jìn)家中敲開了步美家的門，但之后他的父母便過來把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發(fā)現(xiàn)其實(shí)他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險(xiǎn)！于是少年偵探團(tuán)的各位來到正南的家里一探究竟。

接受汀小姐的邀請小五郎一行人來到了大濱海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，兩人因?yàn)闆_浪的事情起了爭執(zhí)。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不見了，看到汀小姐發(fā)來的短訊后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了汀小姐的尸體，而她的尸體旁邊卻沒有留下任何足跡。

以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問話，柯南對這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個悲傷的故事。

結(jié)束大致的案件詢問之后柯南一行人決定開車送圭小姐回家，卻發(fā)現(xiàn)圭小姐家中被安裝大量的竊聽器，在尋找竊聽器的安裝地點(diǎn)時(shí)竟然找到了一具男尸。另一方面跟著打算買東西的圭小姐而離開公寓的柯南被綁架，接到小蘭的電話后阿笠博士立即和灰原在昴先生的陪同下開始追蹤，而了解了事情始末的世良也前去和小蘭會面。